Il territorio del Comune di Besana si estende su sette colli di origine morenica e fu interessato dalle glaciazioni di cui ne è testimonianza il “Sasso del Guidino”, masso erratico di notevoli dimensioni. Nella preistoria, ed in particolare nel “neolitico”, 5000 anni a.C., era probabilmente abitato da popolazioni nomadi, provenienti da settentrione e dedite alla pastorizia, ipotesi in parte convalidata da recenti ritrovamenti di frammenti di selci (pietre lavorate), e di una cuspide. La prima testimonianza storica della presenza di insediamenti risale al 69 d.C. anno a cui si fa risalire un’ara votiva rinvenuta a Valle Guidino nel 1870/71 durante alcuni scavi per l’approfondimento di un pozzo. La lapide, dedicata a Giove da parte di Pilade, “saltuarius”, esprime un voto per la vittoria di Virginio Rufo, generale romano, che appunto nel 69 d.C. aveva sconfitto i Galli di Vin dice.
Quasi sicuramente il territorio besanese faceva parte di un grande latifondo di proprietà di Virginio Rufo: infatti Pilade, il liberto di cui si legge nell’epigrafe, era un “saltuarius”, cioè guardaboschi – fattore. Dal momento che non è certa la presenza della villa o della fattoria del generale, ha assunto credito la tesi della Prof. Giuseppina Besana, che ipotizza l’esistenza in Valle di un’area sacra e questo grazie a numerosi riscontri: la presenza di acqua (culti idrici), il sasso del Guidino (culto della pietra), il ritrovamento di ben quattro are votive e da ultimo la presenza di una costruzione, forse un tempietto pagano, purtroppo demolito negli anni quaranta e di cui non si hanno notizie precise.
La presenza romana è poi documentata da altri ritrovamenti: monete a Montesiro e reperti di una fornace a Brugora, risalenti al II – III sec. d.C. La caduta dell’impero romano coincise col terribile susseguirsi delle invasioni barbariche che portarono desolazione e nel contempo favorirono l’insediamento nel territorio di alcune famiglie nobili fuggite da Milano. Tra queste, la potente famiglia milanese dei “da Besana”, che nella parte più alta di Besana inferiore costruì il proprio castello. L’importanza di questa famiglia (erano capitani, un alto livello nella gerarchia feudale) è legata a Gariberto da Besana, che nel 918 venne eletto vescovo di Milano. Nel 1100 i Da Besana, come altre famiglie, tornarono a Milano, favorendo in tal modo la distruzione del castello. Sulle sue rovine vennero poi edificati altri edifici tra cui la dimora dei Riboldi, altra potente famiglia.
Verso il 1000 si verificò una capillare diffusione del cristianesimo e ciò favorì la nascita attorno alle chiese e agli oratori delle prime comunità, un passo di quella caratterizzazione del territorio che durerà sino al 1869. Questa caratterizzazione è documentata nel Liber Notitiae Sanctorum Mediolani, che nel 1289 cita le chiese o cappelle di Besana, Valle, Villa, Cazzano, Calò, Monte, Vergo e Zoccorino, oltre a Brugora, dove nel 1100 venne costruito, per volere di un’altra potente famiglia, i Casati, un monastero. Nel 1400 il territorio besanese fu inglobato nel ducato di Milano e grande importanza assunse la famiglia Riboldi, sostituitasi a tutti gli effetti ai Da Besana.
Nel 1600 il feudatario Tiberio Crivelli, con l’appoggio degli Spagnoli divenne feudatario di quasi tutto il territorio, ad eccezione di Valle e Besana inferiore. Fu però la dominazione austriaca a partire dal 1700, che diede alle diverse comunità un assetto giuridico ed amministrativo con la costituzione dei convocati e degli estimati. In questo periodo, tra ‘700 e ‘800, Besana conobbe un momento favorevole grazie all’insediarsi sul proprio territorio di numerose ville patrizie, nate come dimore di campagna, che favorirono l’ingresso nella vita pubblica locale dei loro nobili proprietari. Il 9 febbraio 1869, con decreto del re Vittorio Emanuele II, veniva sancita l’unificazione con Besana dei comuni di Valle Guidino, Villa Raverio, Vergo, Montesiro, Calò e Cazzano-Besana, che di ven nero frazioni e conferirono al comune l’attuale struttura territoriale ed amministrativa.
Dell’originale divisione sono rimaste ancora vitali le comunità parrocchiali, che mantengono una forte identità sociale e culturale.